本中心实行校、院、实验示范中心三级管理。学校高度重视实验室。学校高度重视实验室建设、实验教学与管理，出台了专门的文件，制定了相应的规章制度，以推进实验教学、实验室建设的规范化管理，同时对设立教改项目并提供一定经费支持，所有设备采购由学校审批。中心挂靠药学院，负责建立教学体系，安排实验教学和管理维护实验室。中心实行教管适度分离的实验教学和仪器设备管理机制。通过借鉴和结合自身特点，制定了相关的管理制度，主要包括实验室管理制度、仪器设备管理制度和实验教学管理制度等几方面。
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